Sydney berichtet Dr. Barnett über die Ereignisse in Taipeh und was sich danach ereignet hat: Nach dem kurzen Gespräche mit ihrer Mutter, schießt diese sie in die Schulter bevor sie den Raum verläßt. Alleingelassen gelingt es Sydney dann zu fliehen und sich zu Jack und Will durchzuschlagen. Auf dem Rückflug nach LA erfährt Will dann die volle Wahrheit über Sydney und SD-6. Um Wills Leben zu retten, entwickeln sie einen Plan. Eine vorgetäuschte Drogensucht, in der er sich die Dinge rund um SD-6 nur ausgedacht habe, soll ihn vor der Exekution durch SD-6 bewahren.

Um Sydneys Problem mit Dixon in den Griff zu bekommen, geht Jack in LA zu Sloane und erklärt ihm, dass Sydney in seinem Auftrag gehandelt habe und das es Sydneys Befreiungsaktion für Will zu verdanken sei, dass die Organisation von Khasinau zerschlagen ist. Jack hat mit seinem Einwand Erfolg und Dixon entschuldigt sich bei Sydney für sein Mißtrauen.

Zurück im Dienst wird Sydney nach Frankreich geschickt um eine Telefonwanze bei einem von Khasinaus Leuten anzubringen. Durch Zufall entdeckt sie dort auch Khasinau... und den bewußtlosen Vaughn. Mit Hilfe einer Adrenalinspritze belebt sie Vaughn und gemeinsam gelingt es ihnen zu entkommen.

Durch die Wanze erfährt die CIA, das Unterlagen genannt "die Bibel" in Barcelona an Khasinau übergeben werden sollen, mit deren Hilfe er gemeinsam mit Irina die Organisation wieder aufbauen könnte. Um dies zu verhindern werden Vaughn und Sydney mit einem Team zur Übergabe geschickt. Dort geraten sie in einen Hinterhalt bei dem Eric Weiss schwer verletzt wird und es Irina gelingt mit den Unterlagen zu entkommen. Zuvor gibt sie Sydney jedoch etwas mit auf dem Weg: Wahrheit braucht Zeit.

Am Ende der Beerdigungsfeier für Emily bekommt Jack einen Anruf. Er nimmt Syd beiseite und teilt ihr mit, dass sich jemand der CIA gestellt hat: Irina Derevko!