Kendall informtiert Jack und Sydney, dass Sloane als vermißt gilt und Anthony Geiger seinen Posten bei SD-6 übernommen hat. Sie bekommen den Auftrag Geigers Vertrauen zu gewinnen. In der Zentrale von SD-6 nimmt Sark Sydney beiseite und teilt ihr mit, dass er Geiger nicht über den Weg traue und das dieser sämtliche geheimen Dateien des Servers 47 durchforste. Sydney wird hellhörig, war ihr doch bislang nur die Existenz von 46 Servern bekannt. Vaughn findet heraus, dass sich Server 47 in einer Boing 747 befindet und von einem Mann namens Macor überwacht wird. Als Call-Girl getarnt gelingt es Sydney an Bord des Flugzeuges zu kommen und die Daten des Servers an Vaughn und Weiss zu übermitteln.

Das Material stellt sich als Goldgrube heraus. Sollten die Informationen stimmen, könnte die CIA, in Zusammenarbeit mit den Geheimdiensten in den Ländern der anderen SD-Zellen, die Alliance zerstören. Um die Daten zu verifizieren, soll Jack den Sicherheitskode bei SD-6 überprüfen. Dort wird er jedoch von Geiger abgefangen, der herausgefunden hat, dass Sydney und Jack Doppelagenten sind. Um auch Sydneys habhaft zu werden, zwingt er Jack sie anzurufen und sie in die Zentrale zu ordern. Aufgrund seiner Formulierung ist Sydney jedoch sofort klar, dass sie aufgeflogen sind. Ihr bleibt nichts anderes übrig als Dixon die Wahrheit zu beichten und ihn um seine Mithilfe zu bitten. Zwischen Wut und Schock schwankend, bestätigt er Sydney den Kode. Zeitgleich werden daraufhin alle SD-Zellen gestürmt. Die Alliance ist zerstört! Vaughn und Sydney, die an der Erstürmung von SD-6 beteiligt waren, wird in den Überresten der zerstörten Zentrale klar, dass nun nichts mehr zwischen ihnen steht.

Unterdes berichtet Sark Sloane, dass Sydney wie erwartet gehandelt habe und Phase Eins abgeschlossen ist. Sloane zeigt sich zufrieden und bittet Sark sicherzustellen, dass der neue Mitarbeiter einsatzbereit ist. Sark ruft daraufhin "Francie" an und sie teilt ihm mit, dass alles in Ordnung ist. Dabei sieht sie auf die vor ihr am Boden liegende echte Francie: Sie ist erschossen!