In Berlin wird die CIA-Agentin Emma Wallace in aller Öffentlichkeit ermordet. Sie hatte den Auftrag das Vertrauen von Dr. Enzo Markovic zu gewinnen und herauszufinden, was Helix ist. Vaughn und Sydeny werden in die Domenikanische Republik zu einem geheimen Labor Markovics geschickt um nach Informationen und Wallace Partner Jim Lennox zu suchen. Aufgrund der Daten die sie beschaffen können wird klar, dass Helix eine neue Form der Gentechnologie ist. Mit dem Gerät kann das äußere Erscheinungsbild eines Menschen komplett dem eines anderen angepaßt werden. Die erste Testperson war Lennox; ohne sein Wissen. Nachdem sichergestellt wurde, dass es sich bei dem befreiten Agenten tatsächlich um Lennox handelt, werden er und Sydney nach Polen geschickt, wo sich Helix mittlerweile befindet. Ihr Auftrag lautet die gespeicherten Daten zu kopieren und anschließend das Gerät zu zerstören. Lennox, der sich die Dateien etwas genauer ansieht während Sydney die Sprengladungen anbringt, findet heraus, dass bereits eine weitere Person dupliziert wurde.