Eric findet Vaughn dank des Peilsenders. Der Verbleib der Biowaffe dagegen, kann nun nicht herausgefunden werden. Während sich Vaughn im Krankenhaus erholt, spitzen sich die Spannungen zwischen Sydney und Vaughns' Ehefrau Lauren immer weiter zu. Gemeinsam sollen sie Informationen von Sloane einholen. Doch dieser wird vor ihren Augen entführt um kurz darauf bei der CIA in L.A. wieder aufzutauchen. Er bittet sich der CIA als Doppelagent beim Covenant an. Um Vertrauen werbend berichtet er von einem äußerst gefährlichen Computervirus.

Marshall und Sydney werden losgeschickt den Virus so zu verändern, dass er ganz harmlos ist. Dabei kommen sie Sark knapp zuvor, der nichts ahnend die bereits von Marshall editierte Version herunterlädt.