Bei einer Mission in Shanghai geht so einiges daneben. Ein Agent wird ermordet und ihren Kontakt kann sie nur rausholen, in dem sie ihm kurzerhand einen anderes Aussehen verpaßt und sich dann von ihm trennt. Zurück in L.A. erfährt sie von ihrer neuen Vorgesetzten, Direktorin Chase, dass ihre Alleingänge für die CIA nicht länger tragbar sind und sie aus diesem Grund in den Innendienst nach Langley versetzt wird. Erbost kündigt Sydney. Auch Vaughn hat sich nach der ganzen Geschichte mit Lauren entschlossen die CIA zu verlassen.

Doch beide trennen sich nicht wirklich von der CIA. Sie haben sich bereit erklärt für einen geheime Unterorganisation, APO (Authorized Personnel Only), zu arbeiten. Eine handverlesene Gruppe wie Direktorin Chase Sydney erklärt. Diese meint ihren Augen nicht trauen zu könnnen als sie sieht, wer das Team zusammengestellt hat und es in leiten wird: Arvin Sloane!

In ihrem erster Auftrag für die APO sollen Sydney und Vaughn einen russischen Wissenschaftler daran hindern ein gefährliches Isotop zu verkaufen. Beide geraten in Schwierigkeiten doch Vaughn kann seinen Angreifer überwältigen und Sydney im letzten Augenblick zur Hilfe kommen.